本棚の同期を行った順番に起因している可能性があります。

本棚同期の仕様として、基本的に最新の本棚情報がサーバに保存されます。
ただし、本棚情報が変更された後に同期の操作（本棚を下にスワイプ、もしくは同期ボタン押下）を行わない場合、その後の同期の順番によっては他端末で意図しない結果になる場合があります。
つきましては本棚情報を変更された後は必ず同期実行をお願いいたします。